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肛瘘治疗分为手术治疗、肛门局部治疗和全身性的治疗。手术治疗为首选，只有通过手术切除瘘管和内口，才可达到彻底的治愈。局部治疗以中药熏洗、肛门上药栓、药膏、纱条。全身治疗主要是静滴或口服抗生素。暂时不能行手术治疗的患者，可通过药物治疗控制感染，延缓病情的发展，避免频繁感染和新生瘘管生成。