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造血干细胞可来自于骨髓、外周血和脐血，因此相应地造血干细胞移植也可以分为骨髓移植、外周血干细胞移植和脐血干细胞移植。同样地按造血干细胞来源分为患者自身还是供者，并且根据供者的基因与患者是否相同可分为自体移植、同基因移植和异基因移植。